現代人平均超過七成時間是處於室內，所以提供一個健康的室內環境是建築設計的重點。建築署採用了「整體能量方案」（詳見5.2節 — 能源效益）去維持室內健康舒適的環境，並兼顧能源效益及成本效益。以下介紹一些應用室內整體能量方案的例子。

學校裝置鮮風預調機
近期的學校工程項目，均在空調系統加入鮮風預調機，一方面輸入充足新鮮空氣維持良好的室內空氣質素，同時亦利用抽出的室內廢氣去預調新鮮空氣的溫度，夏天時可預先將空氣降溫，冬天則可預先加暖。

環保建築材料
建築材料的潛在揮發物質會構成室內空氣的污染，為符合室內空氣質素要求，我們的專家小組測試了不同的物料，包括油漆、夾板、聚合板、地毯、光亮劑與黏合劑等，研究報告亦已上載建築署的內聯網。在2001年我們的「建築物通用規範」亦根據研究結果進行修訂，去避免過量揮發有機化合物及甲醛。

為進一步改善室內空氣質素，本署正計劃分階段嚴格限制使用含有揮發有機化合物成份的油漆。

建築物外形設計
積水會滋生細菌，對室內空氣質素帶來潛在威脅。為減低帶來的影響，建築署已進行幕牆滲漏的研究，結果透過內聯網供員工參考。另一方面，在設計空調系統入氣口時，亦兼顧周圍環境風向及交通情況的分析。